五、分支機構(gòu)如何預繳和匯算清繳 

　　國稅發(fā)[2008]28號規(guī)定，企業(yè)應根據(jù)當期實際利潤額，按照本辦法規(guī)定的預繳分攤方法計算總機構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)在每月或季度終了后15日內(nèi)，自行向所在地主管稅務機關(guān)申報預繳。在規(guī)定期限內(nèi)按實際利潤額預繳有困難的，經(jīng)總機構(gòu)所在地主管稅務機關(guān)認可，可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，由總機構(gòu)、分支機構(gòu)在每月或季度終了后15日內(nèi)，自行向所在地主管稅務機關(guān)申報預繳。預繳方式一經(jīng)確定，當年度不得變更。 

　　（一）各分支機構(gòu)預繳的比例分配 

　　總機構(gòu)和分支機構(gòu)應分期預繳的企業(yè)所得稅，50%在各分支機構(gòu)間分攤預繳。 

　　總機構(gòu)在每月或每季終了之日起十日內(nèi)，按照以前年度（1－6月份按上上年，7－12月份按上年）各省市分支機構(gòu)的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額三個因素，將統(tǒng)一計算的企業(yè)當期應納稅額的50%在各分支機構(gòu)之間進行分攤（總機構(gòu)所在省市同時設(shè)有分支機構(gòu)的，同樣按三個因素分攤），各分支機構(gòu)根據(jù)分攤稅款就地辦理繳庫，所繳納稅款收入由中央與分支機構(gòu)所在地按60：40分享。分攤時三個因素權(quán)重依次為0.35、0.35和0.3.各分支機構(gòu)分攤預繳額按下列公式計算： 

　　各分支機構(gòu)分攤預繳額＝所有分支機構(gòu)應分攤的預繳總額×該分支機構(gòu)分攤比例 

　　其中：所有分支機構(gòu)應分攤的預繳總額＝統(tǒng)一計算的企業(yè)當期應納稅額× 50% 

　　該分支機構(gòu)分攤比例＝（該分支機構(gòu)經(jīng)營收入/各分支機構(gòu)經(jīng)營收入總額）×0.35＋（該分支機構(gòu)職工工資/各分支機構(gòu)職工工資總額）×0.35＋（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額/各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）× 0.30 

　　以上公式中，分支機構(gòu)僅指需要參與就地預繳的分支機構(gòu)。其余50%由總機構(gòu)預繳。 

　　（二）匯算清繳 

　　總機構(gòu)在年度終了后5個月內(nèi)，應依照法律、法規(guī)和其他有關(guān)規(guī)定進行匯總納稅企業(yè)的所得稅年度匯算清繳。因此，各分支機構(gòu)不進行企業(yè)所得稅匯算清繳。 

　　六、匯總納稅中分支機構(gòu)其他重要事項 

　　（一）分支機構(gòu)不再單獨享受稅收優(yōu)惠 

　　新法實施后，享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的主體為法人企業(yè)，不再對某一獨立核算的分支機構(gòu)單獨享受。因此新稅法實施后，匯總納稅企業(yè)與無分支機構(gòu)的企業(yè)享受享受稅收優(yōu)惠是一致的。總機構(gòu)享受的優(yōu)惠政策，也就是分支機構(gòu)可以享受的優(yōu)惠政策。 

　　由于舊稅法的企業(yè)所得稅納稅主體為獨立核算的納稅人，獨立核算的分支機構(gòu)如果符合條件按獨立納稅人享受減免稅優(yōu)惠，導致總機構(gòu)和分支機構(gòu)稅率不一致。為了解決上述問題，政策規(guī)定，企業(yè)在2007年3月16日之前設(shè)立的分支機構(gòu)可以單獨享受國發(fā)企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策。但《關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）文件明確：“除《國務院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）、《財政部、國家稅務總局關(guān)于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）和《財政部、國家稅務總局關(guān)于貫徹落實國務院關(guān)于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關(guān)問題的通知》（財稅[2008]21號）有關(guān)規(guī)定外，跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的計算方法計算并繳納企業(yè)所得稅，應按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計算并繳納企業(yè)所得稅。” 

　　《國家稅務總局關(guān)于進一步明確企業(yè)所得稅過渡期優(yōu)惠政策執(zhí)行口徑問題的通知》（國稅函[2010]157號）第二條規(guī)定：“關(guān)于居民企業(yè)總分機構(gòu)的過渡期稅率執(zhí)行問題：居民企業(yè)經(jīng)稅務機關(guān)核準2007年度以前依照《國家稅務總局關(guān)于外商投資企業(yè)分支機構(gòu)適用所得稅稅率問題的通知》（國稅發(fā)[1997]49號）規(guī)定，其處于不同稅率地區(qū)的分支機構(gòu)可以單獨享受所得稅減低稅率優(yōu)惠的，仍可繼續(xù)單獨適用減低稅率優(yōu)惠過渡政策；優(yōu)惠過渡期結(jié)束后，統(tǒng)一依照《國家稅務總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）第十六條的規(guī)定執(zhí)行。” 

　　因此，新稅法實行法人所得稅制，除過渡期優(yōu)惠政策外，作為不具備法人資格的分支機構(gòu)，是不能單獨享受新稅法中的優(yōu)惠政策的。 

　　同時，國稅發(fā)[2008]28號和國稅函[2009]221號都對上述總分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)如何計算并繳納企業(yè)所得稅作出了詳細地規(guī)定。 

　　（二）分支機構(gòu)以前年度虧損由匯總企業(yè)彌補 

　　國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定：“總機構(gòu)和分支機構(gòu)2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內(nèi)繼續(xù)彌補。”解決了原獨立核算分支機構(gòu)的以前年度虧損額在新稅法下如何處理的問題，也就是2008年1月1日后分支機構(gòu)以前年度的虧損額由法人企業(yè)一并彌補。 

　　《企業(yè)所得稅年度納稅申報表》（A類）中沒有單獨體現(xiàn)彌補分支機構(gòu)以前年度虧損的行次，《關(guān)于做好2009年度企業(yè)所得稅匯算清繳工作的通知》（國稅函[2010]148號）對彌補虧損填報口徑作出規(guī)定：“根據(jù)《國家稅務總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）規(guī)定，總機構(gòu)彌補分支機構(gòu)2007年及以前年度尚未彌補完的虧損時，填報企業(yè)所得稅年度納稅申報表附表四”彌補虧損明細表“第三列”合并分立企業(yè)轉(zhuǎn)入可彌補虧損額“對應行次。” 

　　（三）分支機構(gòu)資產(chǎn)由所在地主管稅務機關(guān)確認 

　　國稅發(fā)[2008]28號文規(guī)定：分支機構(gòu)的各項財產(chǎn)損失，應由分支機構(gòu)所在地主管稅務機關(guān)審核并出具證明后，再由總機構(gòu)向所在地主管稅務機關(guān)申報扣除。 

　　（四）分支機構(gòu)未按分配表預繳稅款的處理 

　　國稅函[2009]221號文明確：“對應執(zhí)行國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定而未執(zhí)行或未正確執(zhí)行上述文件規(guī)定的跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)，在預繳企業(yè)所得稅時造成總機構(gòu)與分支機構(gòu)之間同時存在一方（或幾方）多預繳另一方（或幾方）少預繳稅款的，其總機構(gòu)或分支機構(gòu)就地預繳的企業(yè)所得稅低于按上述文件規(guī)定計算分配的數(shù)額的，應在隨后的預繳期間內(nèi)，由總機構(gòu)將按上述文件規(guī)定計算分配的稅款差額分配到總機構(gòu)或分支機構(gòu)補繳；其總機構(gòu)或分支機構(gòu)就地預繳的企業(yè)所得稅高于按上述文件規(guī)定計算分配的數(shù)額的，應在隨后的預繳期間內(nèi)，由總機構(gòu)將按上述文件規(guī)定計算分配的稅款差額從總機構(gòu)或分支機構(gòu)的預繳數(shù)中扣減。” 

　　可見，符合跨地區(qū)匯總納稅政策要求的應就地預繳稅款的分支機構(gòu)，應按總機構(gòu)分配表預繳稅款。對不按分配表預繳稅款，導致在當?shù)囟嗬U或少繳的所得稅，應由分支機構(gòu)主管稅務機關(guān)在以后的預繳申報中解決，不能在總機構(gòu)年度納稅申報表中反映。